Dirigida por: Kazuchika Kise
Estrelando: Maaya Sakamoto,Ikkyû Jaku,Ken'ichirô Matsuda
A história do anime se passa em 2027, um ano após o fim da quarta guerra não nuclear. New Port City ainda está se recuperando das consequências da guerra quando sofre um bombardeio causado por uma mina automotora. Então, um militar implicado em suborno de tráfico de armas é morto a tiros. Durante a investigação, Daisuke Aramaki da Seção de Segurança Pública encontra Motoko Kusanagi, o hacker ciborgue de nível mago designado para a 501ª Unidade Secreta dos militares. Batou, um homem com o "olho que não dorme", suspeita que Kusanagi seja o responsável pelo bombardeio. O detetive Togusa da Polícia da Prefeitura de Niihama está investigando seus próprios casos duplos de morte a tiros e assassinato de uma prostituta. A própria Motoko está sendo observada pelo chefe da 501ª Unidade Secreta, Kurutsu, e por agentes ciborgues.