Un helicóptero militar lanza transmisores de sonar experimentales al agua, lo que hace que una manada de ballenas se salga de control y comience a embestir un glaciar cercano. En el caos, el helicóptero choca contra el glaciar y el daño combinado lo abre, descongelando dos criaturas prehistóricas que hibernan.
Una plataforma de perforación frente a la costa de Japón es atacada por el pulpo gigante, que tiene tentáculos lo suficientemente grandes como para envolver toda la estructura.
MacNeil investiga el cadáver de una ballena varada cubierta de heridas ensangrentadas, extrae lo que parece ser un diente de tiburón de una de las heridas.
Mega Shark salta decenas de miles de pies en el aire desde el océano y ataca un avión comercial, lo que lo obliga a estrellarse contra el agua.
Un "destructor naval" estadounidense ataca al megalodon, pero es destruido después de que sus armas no logran destruir el Mega Shark.
Mega Shark destruye otro destructor enviado por Baxter.
Mega Shark resurge y muerde una gran parte del puente Golden Gate, matando a miles de civiles.
Mega Shark y el Giant Octopus comienzan a pelear, pero se separan y el tiburón ataca al submarino, arrastrándolo en su boca matando al resto de la tripulación.